Khoa Dược là khoa chuyên môn chịu sự lãnh đạo trực tiếp của Giám đốc bệnh viện. Khoa Dược có chức năng quản lý và tham mưu cho Giám đốc bệnh viện về toàn bộ công tác dược trong bệnh viện nhằm đảm bảo cung cấp đầy đủ, kịp thời thuốc có chất lượng và tư vấn, giám sát việc thực hiện sử dụng thuốc an toàn, hợp lý.

Thực hiện các xét nghiệm hóa sinh phục vụ công tác lâm sàng cho bệnh nhân nội trú, ngoại trú của bệnh viện Bạch Mai. Tham gia đào tạo cán bộ chuyên ngành Hóa sinh từ trung cấp đến sau đại học được bộ Y tế và bộ Giáo dục đào tạo phê duyệt

Kiểm soát nhiễm khuẩn bệnh viện: Phối hợp với các Viện, Khoa, Phòng liên quan thực hiện các nội dung công tác sau: Thiết lập và vận hành hệ thống điều tra, phát hiện, thông báo và đánh giá các nhiễm khuẩn bệnh viện ở bệnh nhân và nhân viên y tế.

Thực hiện các xét nghiệm chẩn đoán: Virus - miễn dịch; Sinh học phân tử; Vi khuẩn; Ký sinh trùng; Vi nấm cho bệnh nhân đến khám và điều trị tại bệnh viện Bạch Mai và và các bệnh viện khác thuộc khu vực Hà Nội và các tỉnh lân cận.

 Trung tâm được giao nhiệm vụ chụp Xquang thường quy, chụp cắt lớp vi tính, chẩn đoán cộng hưởng từ, làm siêu âm tổng quát và siêu âm Doppler màu, chụp mạch và làm X.quang can thiệp phục vụ bệnh nhân theo yêu cầu của các Viện, Khoa, Phòng trong Bệnh viện và các Bệnh viện khác trong cả nước gửi tới.

Giải phẫu bệnh học giải phẫu: chủ yếu là xác định tổn thương, nguyên nhân gây bệnh và làm chết người qua khám nghiệm tử thi (khám ngoài, mổ, xét nghiệm tử thiết, độc chất, gien với nhiều kỹ thuật tinh xảo…). Lưu trữ các bệnh phẩm đại thể điển hình, đặc biệt.